1202 ه - 24 تشرين الثاني 1787 م ، ولكنه لم يستمر في منصبه طويلا ، حيث تم عزله في 26 جمادى الأولى 1202 ه - 4 آذار 1788 م ، وكان سبب عزله ، اختلافه مع الصدر الأعظم يوسف باشا « 8 » ، وخلفه في المشيخة محمد كامل أفندي ، وكانت دفعته في تسلسل شيوخ الإسلام ( 117 ) في عهد السلطان عبد الحميد الأول ، أما مدة مشيخته فكانت ( 3 شهور و 13 يوما هجرية ) - ( 3 شهور و 10 أيام ميلادية ) . * المرة الثانية : أعيد تعيين مكي أفندي في منصب شيخ الإسلام ( للمرة الثانية ) في أعقاب وفاة شيخ الإسلام الذي سبقه السيد يحيى توفيق أفندي ، وذلك في 22 رجب 1205 ه - 27 آذار 1791 م ، واستمر في المنصب حتى 22 ذي القعدة 1206 ه - 12 تموز 1792 م ، حيث تم عزله بأمر من السلطان سليم الثالث ، بسبب عدم قيامه بواجباته الوظيفية بصورة حيدة لكبر سنه ، وخلفه في المشيخة محمد عارف أفندي ( للمرة الثانية ) ، وكانت دفعته في تسلسل شيوخ الإسلام ( 122 ) في عهد السلطان سليم الثالث ، وكانت مدة مشيخته ( سنة واحدة و 4 شهور هجرية ) - ( سنة واحدة و 3 شهور و 16 يوما ميلادية ) أما مجموع مدته مشيخته في المرتين فكانت ( سنة واحدة و 7 شهور و 13 يوما هجرية ) - ( سنة واحدة و 6 شهور و 29 يوما ميلادية ) . مؤلفاته : ترك المولى محمد أفندي العديد من المؤلفات والمصنفات ، منها : حاشية على تفسير البيضاوي ( أنوار التنزيل ) ، ديوان شعر ( باللغة العثمانية ) ، تخميس قصيرة البردة ، وشرح للقصيدة المذكورة باللغة العثمانية ، مرشد الوارثين في أحوال الأربعين في الفرائض رسالة بالفقه ( شعرا باللغة العثمانية ) ، رسالة توضيح ( 4 أجزاء ) رسالة في الاستعارة الطبيعية رسالة حمد وشكر ، وله عدد من الرسائل العلمية . وفاته : بعد عزله من مشيخة الإسلام للمرة الثانية ، عاش المولى محمد أفندي في أواخر حياته في روم حصار ، لكنه عاد إلى استانبول حيث عاش في ساحل خانه ( ساحل‌خانه ) ، وبقي كذلك حتى وفاته في 19 جمادى الأولى 1212 ه - 10 تشرين الثاني 1797 م ، ودفن

--> ( 8 ) - الصدر الأعظم يوسف باشا : هو الصدر الأعظم كوجا يوسف باشا ، وقد تولى منصب الصدر الأعظم مرتين ، الأولى في عهد السلطان عبد الحميد الأول ، خلال الفترة ( 1200 - 1203 ه - 1786 - 1789 م ) والثانية في عهد السلطان سليم الثالث ، خلال الفترة ( 1205 - 1206 ه - 1791 - 1792 م ) ، انظر : معجم الأنساب ، ج 2 ، ص 246 - 247 ، Basbakanlik , S 313 - 314